Ngày 22 tháng 12 năm 2016, Giáo hoàng Phanxicô đã thiết lập một ủy ban đặc biệt để điều tra những bất hòa trong Dòng Malta sau khi vị Hiệp sĩ Tối cao ra quyết định sa thải Chưởng ấn đương nhiệm là Albrecht von Boeselager. Ông này bị cách chức vì liên quan đến một chương trình phân phối bao cao su mà Giáo hội vốn có quan điểm không khuyến khích sử dụng nhằm mục đích tránh thai. Tuy nhiên sau đó, Dòng Malta thông cáo nói rằng việc lật đổ Albrecht von Boeselager là một “hành động hành chính nội bộ thuộc chủ quyền nhà nước của Dòng Hiệp Sĩ Malta và do đó hoàn toàn thuộc phạm vi thẩm quyền của Dòng” và rằng dù bày tỏ lòng trung thành với giáo hoàng nhưng phía Dòng Malta vẫn bác bỏ khả năng Vatican can thiệp vào “chủ quyền nhà nước” của Dòng này.